Jezioro najgłębsze w Polsce i na Niżu Środkowo- europejskim (108,5 m). Typowy zbiornik rynnowy o powierzchni 305 ha, długości prawie 5 km i maks. szerokości 1 km. Lustro wody leży na wysokości 227 m n.p.m. Brzegi pokryte licznymi głazami, w większości strome i wysokie, linia brzegowa urozmaicona malowniczymi zatokami i półwyspami. Dno urzeźbione rowami, dołami i stromymi wąwozami.

Hańcza jest jeziorem ? - mezotroficznym o wodach bardzo czystych i o dużej przezroczystości. Roślinność jeziora jest bardzo uboga. Zooplankton charakteryzuje się występowaniem skandynawsko - bałtyckich gatunków skorupiaków. Spośród ryb występuje tu m. in. głowacz pręgopłetwy, sieja, sielawa.

Od 1963 r. jezioro Hańcza jest rezerwatem krajobrazowo-wodnym.